Estoy haciendo una aplicacion que tiene un popup pero como un div, y la idea era centrarlo en la pantalla. Varias horas estuve haciendo research para terminar usando el editor de html aptana.

Bastante simple era, pero como siempre hay que dar con la tecla. Aca el codigo que me funciono en Internet Explorer y en Firefox. Aca el codigo para los apurados.

var width = document.documentElement.clientWidth;
var height = document.documentElement.clientHeight;
var top = (height  - divHeight) / 2 document.body.scrollLeft;
var left = (width  - divWidth) / 2 document.body.scrollTop;
myDiv.style.left = left "px";
myDiv.style.top = top "px";

Analicemos lo puesto arriba, primero voy a tomar el ancho y alto de la ventana del browser

var width = document.documentElement.clientWidth;
var height = document.documentElement.clientHeight;

Luego, voy a usar un algoritmo muy simple para centrar teniendo en cuenta lo que ha hecho scroll horizontal y verticalmente la ventana.

var top = (height - divHeight) / 2 document.body.scrollLeft;
var left = (width - divWidth) / 2 document.body.scrollTop;

Por ultimo posicionamos nuestro DIV de esta manera:

myDiv.style.left = left "px";
myDiv.style.top = top "px";

Voila!