Hoy me encontre con el problema de llamar a un script ANT desde una aplicacion Java.
Teniendo las classes de ANT en el CLASSPATH (al menos ant.jar y ant-launcher.jar) podemos facilmente hacerlo con este codigo.

String array[] = new String[2];
array[0] = "-buildfile";
array[1] = "/home/user/buildx.xml";
Launcher launcher = new Launcher();
launcher.main(array);