En tu instalación de Apache2 (corro ubuntu en mis servers) podes configurar el formato y el destino de los logs de acceso y error.
Yo corro varios websites, los cuales van en formato VirtualHost. A cada uno de ellos le asigno un CustomLog y un ErrorLog para tener las cosas un poco mas ordenadas. Aca los ejemplos.
<VirtualHost *:80> DocumentRoot /var/www/www.rodrigoasensio.com ServerName www.rodrigoasensio.com ServerAlias rodrigoasensio.com CustomLog /var/log/apache2/www.rodrigoasensio.com-access.log "%v %h %l %u %t "%r" %>s %b" ErrorLog /var/log/apache2/www.rodrigoasensio.com-error.log </VirtualHost>
