En tu instalaciĆ³n de Apache2 (corro ubuntu en mis servers) podes configurar el formato y el destino de los logs de acceso y error.

Yo corro varios websites, los cuales van en formato VirtualHost. A cada uno de ellos le asigno un CustomLog y un ErrorLog para tener las cosas un poco mas ordenadas. Aca los ejemplos.

<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/www.rodrigoasensio.com
ServerName www.rodrigoasensio.com
ServerAlias rodrigoasensio.com
CustomLog /var/log/apache2/www.rodrigoasensio.com-access.log "%v %h %l %u %t "%r" %>s %b"
ErrorLog /var/log/apache2/www.rodrigoasensio.com-error.log
</VirtualHost>